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中国水科院黄海所自主研制我国首款鱼类抗病育种基因芯片“鱼芯1号”
2020-08-26 10:01:59  来源:黄海水产研究所

目前,我国鱼类养殖产业中存在病害频发、抗病高产良种匮乏等问题,迫切需要建立高效准确的抗病基因组育种技术,培育抗病高产优良品种。近几年来,针对基因组选育中缺乏抗病育种基因芯片的现状,中国水产科学研究院黄海水产研究所陈松林研究员团队研制出我国首款鱼类抗病育种基因芯片—“鱼芯1号”,并基于其基因分型结果和牙鲆抗病基因组选择技术开展了抗细菌病良种选育。相关研究成果于近日在中国科技期刊卓越行动计划——领军期刊类入选期刊《Engineering》上在线发表。

研究团队在前期完成牙鲆全基因组测序、精细图谱绘制以及对1099个牙鲆个体全基因组重测序的基础上,自主设计位点筛选策略,整合了抗病相关基因和相关SNP位点,最终选取在全基因组均匀分布的约50000(50K)个SNP位点制作基因芯片,保证了基因组育种值估计的准确性;评估并验证了“鱼芯1号”芯片的基因分型效果,并应用于牙鲆抗细菌病基因组选择育种。牙鲆50K “鱼芯1号”芯片的研发,填补了我国鱼类抗病育种基因芯片的空白,为基因组选择技术在牙鲆良种选育中的应用提供了技术支撑。

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牙鲆“鱼芯1号”基因芯片SNP位点的最小等位基因频率(MAF)统计.(a)不同MAF比例;(b)MAF在24条染色体(CHR)上的分布

黄海水产研究所周茜副研究员、陈亚东助理研究员为该论文共同第一作者,陈松林研究员为该论文的通讯作者。该研究获得了国家自然科学基金国际(地区)合作项目、中国水产科学研究院基本科研业务费项目、山东省自然科学基金重点项目、鳌山人才培养计划和泰山学者攀登计划等项目的资助。

全文链接:“Development of a 50K SNP array for Japanese flounder and its application in genomic selection for disease resistance”

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